 鲜花( 283)  鸡蛋( 15)
|
本帖最后由 nanoEM 于 2016-10-5 20:21 编辑 + k- f* C- e6 d; a; n
6 U* B: F' c: \4 {; j y韩春雨基因编辑技术恐遭弃用 大面积无法重复实验(搜狐), e2 n6 G2 ~6 O0 Z6 d" N, Q' x
! Y& z1 c# T5 M% @) N& v
（原文作者：澎湃新闻见习记者 王盈颖）6 x% }# Z5 j4 X
! |& W0 ]$ y; t. ahttp://news.sohu.com/20161006/n469627812.shtml
" |0 t% U& {9 ~# W9 H
u' x- r# {+ I7 _因为大面积无法重复实验，作者和所在单位又不出面应对质疑声，河北科技大学副教授韩春雨领衔的NgAgo基因编辑技术的重复工作已经遇冷。+ \" ?( l# H9 q! ?& R3 Q4 ]
% C' J) }4 d4 `+ z9 y4 y0 ^ 自2016年5月2日在《自然-生物技术》在线发表论文，NgAgo已经问世5个月，韩春雨在论文中描述的NgAgo是一项和目前主流的“基因魔剪”CRISPR拥有同样效率的基因编辑技术，能高效地实现对特定DNA片段的敲除、加入。
3 p$ V9 v! {/ Q* n- u
9 ?' j/ j8 K# g/ O; b 但在近日哥本哈根举办的“CRISPR Genome Editing（CRISPR基因编辑）”大会上，美国、丹麦、德国在基因编辑领域顶尖的实验室参会，却无人提及NgAgo。5 ~9 j# ?# j% f& N( D
$ g- t. y' B6 \0 w; k$ j+ H4 g2 I
美国生物学家张锋、詹妮弗·杜德娜（Jennifer Doudna）、乔治·丘奇（George Church）各自所在的实验室是基因编辑领域的权威。知情人士向澎湃新闻（www.thepaper.cn）透露，张锋实验室无法重复NgAgo实验，丘奇实验室听闻诸多实验室无法重复后，保持观望。有消息称，在今年8月召开的一次重量级内部学术会议上，詹妮弗在问答环节被问及是否重复NgAgo成功，她的回应是否定，澎湃新闻尚未证实这一传言。( T: |. Y. X4 k1 H1 K
' Y9 o5 g3 r4 o9 X' U NgAgo不仅在国外遇冷。9月27－28日，“中国科协第114期新观点新学说学术沙龙”召开，主题是“基因组编辑新技术的兴起将带来的冲击”。这并非一次没有分量的学术沙龙，国内各大高校、机构近30位基因编辑领域的学者聚集于此，其中包括北京大学生命科学学院教授、中科院院士许智宏以及华大基因杨焕明院士在内。韩春雨不在出席代表之列。, |0 \8 u2 C& A1 X) {" Q
: L R+ a( M4 }. J8 M 澎湃新闻（www.thepaper.cn）采访到3位国内基因编辑领域的实验室PI（项目负责人），他们大多坚持不懈地重复了近两个月甚至更久，有的重复了几十次NgAgo实验，投入科研经费20万元；有的在几百个小鼠基因、动物胚胎上试验NgAgo技术，花费10多万元。令他们失望的共同结果是：NgAgo实验不奏效。
[! s- R/ h6 \8 g3 H! `1 l
) x( @5 F7 d* E9 \ “据我了解，绝大多数实验室都已停止对NgAgo的重复。”其中一位PI告诉澎湃新闻，实验室还有其他项目，没有再多的精力和财力投入到NgAgo之中。
1 E" U0 @; v- S% }. k2 T
+ t% C; [/ \( }& m. W$ g$ a 因为不愿被过多打扰和迫于压力，3位实验室PI都要求匿名。
- ^0 w$ ], p1 s3 m% w: Z' G
' k) g |: I/ Y 可能有“几百家”实验室重复实验，总耗资“几亿美元”
: M t, Y$ a9 s* \; m
' S$ {5 y% Q s8 z0 z6 D& G 来自内陆某高校的这位实验室PI是最早进行NgAgo重复实验的科研人员之一。他告诉澎湃新闻，在韩春雨论文在线发表的第三天，他看到了论文，并在当天晚上提交了实验设计，让学生开始重复实验。论文所描述的NgAgo性能强大，他觉得兴奋，直观的反应是生理性的，“鸡皮疙瘩起了一身”，“我说‘太好了’，一宿几乎没睡。我是基于科学的激动。”
n# s; o. l4 F$ L- N0 I4 J
2 [ g2 P1 m# \" F6 r2 E 反差是巨大的。整个5月份，他做了12轮重复实验，都失败。再做，失败，再做，四个月时间里累计做了数十次，花了20万（含人工费），全部重复实验都失败了。
3 g( w. @7 t& }2 u
& {- v% G c- X" G1 T( F+ o 另一位来自沿海地区的实验室PI也在文章刚发表后就去合成质粒，这是NgAgo重复实验必需的材料。他开始在小鼠基因上重复实验，每批几十、上百个小鼠基因，按照韩春雨论文的实验步骤操作，想看看NgAgo的切割效率如何。两周后，第一批实验结果出来，没有一个小鼠基因出现了被编辑的迹象。( X1 O! @5 f0 s6 f+ Z
, \8 ^" D' }8 _3 x) X' ^
他去问了一圈领域内熟识的同行，“他们都没重复出来”，有的到Figuer3C（图3C）能重复，但一做测序都是假阳性。
$ K. F* Q) b+ h- h# V+ a: a: R4 w6 T" w; @6 s
是不是没有注意到什么细节？他去韩春雨所指定的生物公司合成质粒，把小鼠细胞替换成293人类细胞，“完全按照他（韩春雨）一模一样”地重复实验，还是失败。反反复复，总共分别做了7、8次小鼠和人类细胞，无一例外地失败。2 Q! C" t( ]' e
f" V; ^% {+ m7 D! E6 g6 X4 R; R' I4 g 10多万人民币、操作重复实验的学生几十天的时间、实验室其他项目放缓的进度，这些都折算在重复NgAgo实验失败的成本里。
+ w, ?, |7 z0 y$ ~! G: x
- t2 N& K. f# s2 T 这位PI向澎湃新闻表示，NgAgo实验是工具性的、定性定量的，正是因为韩春雨在论文中所描述的NgAgo太高效了（21.3%41.3%），并在40多个位点都保持高效率，还没有序列限制，所以全球基因编辑领域的实验室才立即跟进。& Y' |: z( z& y4 a3 W
) `; L- A" O* V1 g
“如果说一般般的效率，没人会去重复，因为大家用CRISPR已经用得很好。”他估算，国内外有几百个实验室进行NgAgo实验，加上人力成本，所耗费的资金或许可达几亿美元。
, ^! q [9 O: ^2 `
7 h3 B) ?1 W h2 {+ w 第三位实验室PI来自北方某研究机构，他没有统计过实验室为NgAgo投入了多少钱，“肯定的是，至少有一个学生两个月的时间浪费在上面，而且我们在合成基因上也花了不少钱，做了很多小鼠实验，这个花费会更多一些。我们做了好几百个胚胎，没有确切的结果。所以还是比较令人失望的事情。”
5 ?7 ]4 q- m2 d- R q& e! h$ N+ o) F5 A) y3 |
“我有两个学生，独立地在重复，严格地按照他（韩春雨）发表的细胞系，他发表的序列和他描述的方法，我们也尝试了去改进，但没有阳性结果。所以我们也就不想再在这上面浪费时间了。”这位PI说，整个过程他经历了从惊讶、兴奋到最后的失望。) X8 L0 y5 y2 d
, H; T% r) H* E2 u PI们的一些反驳和疑惑
: {! ? l; t0 b! Y4 x. _) ^% T0 ^) R5 t; C8 q
疑惑和争议还不只是对待屡试屡败的重复实验结果。上述实验室PI们对韩春雨的一些说法进行了反驳。
2 h T4 [2 E* A; h: \1 L% _. p! w) X1 z3 R r6 }
韩春雨公开回应，实验需要“高超的技巧”，并曾向澎湃新闻表示，80%的重复实验是因为细胞被污染，因为总是学生在操作实验，没有接受过严格的科研训练。来自沿海地区的这位PI则告诉澎湃新闻，NgAgo实验很简单，“随便一个新入学的博士，训练一个星期就可以做得很好”，并提及完成整个实验仅需一个星期，并非韩春雨所说“一个月还没做完一轮”。
& I9 V% G1 K" |2 D
/ r2 B7 y, v" P# R/ \# q 对于涉及“实验机密”问题，该PI表示，“不存在保守技术涉密的，保守技术就不要发文章，仅申请专利也行”，论文一旦刊发，意味着有义务在科学共同体内共享能让实验顺利进行的信息。这对作者而言并非没有益处，能让更多的同行重复成功，可以建立起自己在科学共同体内的声誉，这对科学家来说并非可有可无，而是至关重要的，关系到今后学术论文发表。
7 c/ I! N5 K$ f* Q" [6 i, x& J6 }4 {
作为解决同一问题的技术，CRISPR在诞生之初是不是如韩春雨所说效率“只有1%”？上述PI告诉澎湃新闻：“CRISPR在一两周内就重复出来了，而且开放共享。刚出来的效率非常高，而且意外地高，我们都很惊讶。”
7 r7 E7 V) X9 H( y$ v8 r! Q# w) Q/ g, U8 E
是否有阵营之间相互打压之说？在网络流传的一段电话录音里，韩春雨对一位外校学生表示，NgAgo的成功会让CRISPR阵营失去上亿元，暗示CRISPR阵营正在打压NgAgo。来自北方某个研究机构的PI否定了这个说法，“科学就是就事论事，你别提以前谁做什么的。根本不是阵营的问题，这就是科学。”
% W; B7 A: R/ ]! ^. S* f
; g) | ]. O) R0 M 在韩春雨共享给同行的质粒上，两位PI无一不表示了困惑。
; J/ o: K+ o- B! E- X; D. k
5 M2 p. X* A( h9 L 其中一位PI透露，自己曾派学生前往石家庄，希望韩春雨能提供论文中的质粒，但拿回去后PI发现，“他没有给我们这个原本的质粒，他给的是一个编码酶的基因在细菌里表达的载体（论文中为在人类细胞表达的载体）。”而NgAgo酶要工作，必须在一个合适的载体上。
) c- @. r5 E- p. S3 ~: d3 {9 ~$ Y1 J
! g# ^$ l+ c: ?0 }5 h$ @" m! \ 另一位PI反映了类似的信息，PI的一位同行朋友同样派人去了石家庄，但“韩春雨给的质粒信息不全，都很奇怪。有的质粒没有promoter（启动子）有些没有stop codon（终止密码子）（注：这两个等同于“开关”，没有前者基因不能表达成蛋白质，没有后者蛋白质翻译无法停止）。”3 [) D/ Z5 p4 [0 X# \1 U7 B
( `4 a6 b; ~) ^# k# r! u* {
PI们都向澎湃新闻表示了担忧，NgAgo技术的大面积无法重复或将影响中国科研者整体的国际学术声誉，“以后看到中国出来的（论文）都会怀疑一下。”
' ]- y: `$ x/ \) \7 b% K% g; a% @4 K" I1 }2 i' |+ z
“我觉得确实，重要的是，国内的这个领域应该是有一个明确的声音来质疑这件事情，否则大家会觉得中国的这个领域是没有客观性的。也就是说，你可能需要一个自我纠错能力吧？”其中一位PI说。) N% M! n! P4 R' k. U; C6 b# W
* j, A) ~# `! B: C4 h 在“中国科协第114期新观点新学说学术沙龙”上，数十位基因编辑领域专家达成了八条共识，其中包含了以下内容：
) G2 P5 a+ i: S$ f# ?
% b4 Q- M- I7 @6 |- x% M/ i "科学家必须自律，行业要有行规’，基因组编辑技术威力巨大，科学工作者应加强自身的科学素养，摒弃急功近利，认真踏实、稳扎稳打地做好研究，努力建设培养良好的学术风气和研究氛围。” |
|
楼主: mich2015
狗仔卡
发表于 2016-10-2 05:43
显身卡
，
楼主